1
Ikan nila (Oreochromis niloticus) merupakan salah satu spesies ikan yang penting dalam dunia budidaya. Beberapa upaya telah dilakukan untuk menghasilkan spesies ikan nila dengan genetik yang baik. Untuk menciptakan ikan dengan kualitas yang baik seperti pertumbuhan yang cepat, tahan terhadap penyakit, perlu dilakukan suatu sistem budidaya yang baik.
Ikan nila memiliki gen insulin sebagai sel islet yang mungkin dapat ditransplantasikan kedalam tubuh manusia untuk mengendalikan penyakit diabetes. Di negara Afrika Timur telah dikembangkan sumber daya genomik untuk ikan nila. Dengan adanya hal tersebut maka sekarang telah dipublikasikan peta genetik untuk ikan nila.
Pentingnya ikan nila didalam budidaya ikan, maka perlu adanya penerapan teknologi informasi yang diterapkan didalam budidaya agar produk budidaya perikanan berkualitas tinggi.maka untuk mengembangkan budidaya yang menggunakan teknologi informasi perlu dilakukan pengumpulan data-data mengenai informasi genomik ikan nila. Informasi mengenai genomik ikan nila kini bisa didapatkan dari perpustakaan BAC yang didalamnya menampung ribuan informasi mengenai genomik ikan nila. Perpustakaan BAC adalah langkah kunci dalam mempersiapkan untuk sequencing genom ikan nila.Data tersebut diambil melalui mikrosatelit yang mampu menggambarkan peta perbandingan fisik. Mikrosatelit ini dapat dimanfaatkan untuk mengembangkan penanda genetik baru dan dapat digunakan untuk jangkar peta FPC berbasis fisik.
Peta perbandingan fisik merupakan salah satu penerapan bioinformatika didalam dunia budidaya. Melalui peta perbandingan fisik, dapat diketahui urutan genom dari spesies ikan nila yang berupa data sekuens partial. Dalam teknologi tersebut digunakan suatu program untuk mengolah data-data spasial yang didapatkan dari BAC melalui mikrosatelit. Program atau software tersebut ialah BLAST. Melalui software tersebut semua data yang berupa data spasial diolah agar menghasilkan produk sesuai dengan kebutuhan. Produk tersebut yang nantinya akan digunakan dalam pengembangan budidaya ikan nila.
Jurnal asli dapat dilihat disini.
Ikan nila memiliki gen insulin sebagai sel islet yang mungkin dapat ditransplantasikan kedalam tubuh manusia untuk mengendalikan penyakit diabetes. Di negara Afrika Timur telah dikembangkan sumber daya genomik untuk ikan nila. Dengan adanya hal tersebut maka sekarang telah dipublikasikan peta genetik untuk ikan nila.
Pentingnya ikan nila didalam budidaya ikan, maka perlu adanya penerapan teknologi informasi yang diterapkan didalam budidaya agar produk budidaya perikanan berkualitas tinggi.maka untuk mengembangkan budidaya yang menggunakan teknologi informasi perlu dilakukan pengumpulan data-data mengenai informasi genomik ikan nila. Informasi mengenai genomik ikan nila kini bisa didapatkan dari perpustakaan BAC yang didalamnya menampung ribuan informasi mengenai genomik ikan nila. Perpustakaan BAC adalah langkah kunci dalam mempersiapkan untuk sequencing genom ikan nila.Data tersebut diambil melalui mikrosatelit yang mampu menggambarkan peta perbandingan fisik. Mikrosatelit ini dapat dimanfaatkan untuk mengembangkan penanda genetik baru dan dapat digunakan untuk jangkar peta FPC berbasis fisik.
Peta perbandingan fisik merupakan salah satu penerapan bioinformatika didalam dunia budidaya. Melalui peta perbandingan fisik, dapat diketahui urutan genom dari spesies ikan nila yang berupa data sekuens partial. Dalam teknologi tersebut digunakan suatu program untuk mengolah data-data spasial yang didapatkan dari BAC melalui mikrosatelit. Program atau software tersebut ialah BLAST. Melalui software tersebut semua data yang berupa data spasial diolah agar menghasilkan produk sesuai dengan kebutuhan. Produk tersebut yang nantinya akan digunakan dalam pengembangan budidaya ikan nila.
Jurnal asli dapat dilihat disini.
0
SIG atau Sistem Informasi Geografis adalah sistem Informasi yang dapat memadukan antara data grafis (spasial) dengan data teks (atribut) objek yang dihubungkan secara geogrfis di bumi (georeference). Sistem berbasis computer yang didesain untuk mengumpulkan, mengelola, memanipulasi, dan menampilkan informasi spasial (keruangan).Sedangkan Penginderaan Jarak Jauh adalah pengukuran atau akuisisi data dari sebuah objek dengan alat yang tidak secara fisik melakukan kontak dengan objek tersebut. Jurnal yang saya ambil berjudul Kesesuaian Lahan Budidaya Tambak di Kecamatan Watubangga Kabupaten Kolaka, Sulawesi Tenggara oleh Brata Pantjara, Utojo, Aliman, dan Markus Mangampa.
Suatu kekeliruan yang terjadi pada tahap pemilihan lokasi pertambakan udang akan menimbulkan peningkatan biaya konstruksi, operasional budidaya, dan dapat menimbulkan masalah lingkungan. Selanjutnya dilaporakan juga bahwa penurunan mutu lingkungan secara drastis dapta disebabkan oleh penimbunan limbah oraganik yang berasal dari kotoran udang, pakan yang tidak terkonsumsi, dan plankton yang mati di dasar tambak. Salah satu metode yang dapat digunakan dalam pemilihan lokasi budidaya perikanan adalah melalui aplikasi Sistem Informasi Geografis. Beberapa keuntungan dalam penggunaan teknologi ini diantaranya dalah dapat dilakukan analisi kesesuaian lahan dalam waktu yang relatif cepat dengan cakupan wilayah yang relatif luas serta biaya yang relatif murah. Penelitian ini bertujuan untuk memetakan tingkat kesesuain lahan budiaya tambak udang di Kecamatan Watubangga Kabupaten Kolaka, Sulawesi Tenggara.
Cara pengamatan dengan Sistem Informasi Geografis ini didapatkan data primer terdiri dari atas perubahan kualitas tanah, pH, tekstur, bahan organik dan perubahan kualitas air. Sedangakan data sekunder yang digunakan berupa Citra Landsat 7 ETM bulan September 2002 keluaran LAPAN, Peta Rupabumi Indonesia sebagai peta dasar dan pembanding data citra, data curah hujan, dan pasang surut. Analisis citra mengunakan Software ER Mapper 6.5, sedangkan digitasi peta dan analisi spasial menggunakan Software Arc View 3.2. koordinat titik sampling menggunakan Global Positioning System (GPS) tangan tipe Garmin GPS III Plus.
Hasil analisis di laboratorum terhadap sembulan stasiun pengamatan ditemukan bahwa hampur semua stasiun memiliki terkstur tanah lempung berpasir. Untuk kisarah pH potensial tanah lokasi penelitian pada keda;aman 0-20 cm adalah 3,89-8,06 pada kedalaman 40-60 cm adalah 3,63-8,16 sedangkan kisaran pH aktual pada lahan yang disurvei dengan kedalaman 0-20 cm adlaah 3,48-7,59 dan pada kedalaman 40-60 cm adalah 3,22-7,47. Untuk suhu perairan di lokasi survei cukup tinggi dengan kisaran 31,40C-34,50C, sedangakn salinitas air memiliki kisaran 30-35 ppt.
Jadi kesimpulan yang dapat didapat adalah potensi lahan budidaya tambak di Kecamatan Watubangga Kabupaten Kolaka, Sulawesi Tenggara seluas 298,2 ha yang terdiri atas tingkat kelayakan sedang seluas 169,7 ha dan kelayakan rendah seluas 128,5 ha dan usaha budidaya tambak udang yang disarankan pada lokasi tersebut adalah tingakt teknologi tradisional sampai tradisional plus.
Sedikit gambar tentang Sistem Informasi Geografis danPenginderaan Jarak Jauh
0
Apa sih itu bioinformatika?
Kok mahasiswa perikanan belajar informatika alias teknologi informasi (TI)?
Apa hubungan perikanan dengan teknologi informasi atau dengan bioinformatika?
Berikut adalah ulasannya.
Bioinformatika itu sendiri adalah sebuah penerapan teknologi informasi pada bidang biologi dan merupakan gabungan dari ilmu teknologi informasi (TI) dan ilmu biologi yang menyangkut arus informasi genetis seperti DNA, RNA, dan protein. Kemajuan ilmu dan teknologi di bidang biologi molekuler lahir dikarenakan adanya revolusi “ome”. Revolusi “ome” tersebut mengakibatkan informasi genetis tidak dapat dilihat hanya dari satu gen tapi genome (bentuk jamak dari gen) atau keseluruhan gen. Dengan demikian informasi penting menyangkut metabolisme mahluk hidup kini tidak dipandang satu gen saja tapi keseluruhan gen (genome).
Hadirnya bioinformatika berkat kemajuan teknologi informasi, kini semua orang dapat dengan mudah mengakses deretan DNA atau informasi gen yang dibutuhkannya. Untuk mengakses deretan DNA atau informasi gen yang dibutuhkan, bioinformatika harus didukung dengan program software dan didukung oleh tersedianya jasa internet, sesuai dengan asal katanya yaitu “bio” dan “informatika” gabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik informasi (TI). Sebagai contoh web yang berisi tentang informasi yang menyangkut tentang gen atau DNA adalah Molecular Research DNA Lab. Untuk program software komputernya sendiri adalah BlueGene/L (IBM) dan MDGrape 3 (RIKEN) yang dibuat oleh perusahaan komputer ternama IBM dan diperuntukkan khusus untuk bioinformatika.
Dalam bidang perikanan, perusahaan komputer terkemuka IBM mengumumkan bahwa perusahaan ini akan menyediakan sebuah super komputer Kawasan Artik (Artic Region Supercomputing Center atau ARSC). Super komputer tersebut digunakan untuk menciptakan model-model, melakukan pengujian formasi pasang surut dan pergeseran kehidupan laut, pergeseran iklim selama 30 tahun terakhir untuk membantu para peneliti dan ilmuwan mengidentifikasi pola-pola kehidupan Ikan Salmon dan Whitefish di Teluk Alaska serta membantu para peneliti mendapatkan pengetahuan lebih mendalam tentang relasi-relasi lingkungan hidup yang rumit yang mendukung populasi ikan salmon dan whitefish di Teluk Alaska. Model-model komputer ini memungkinkan peneliti ARSC mendapatkan wawasan baru tentang pertumbuhan dan kemusnahan spesies-spesies tertentu dari ikan-ikan ini selama 30 tahun terakhir ini serta dapat memanfaatkan data-data kunci dan membantu menjaga agar populasi ikan tetap besar dan tidak berkurang secara drastis. Informasi ini penting bagi industri perikanan,dan perekonomian di sejumlah besar kota di Alaska.
Kesimpulan dari ulasan tentang bioinformatika diatas adalah bioinformatika dapat membantu perkembangan-biakan ikan serta dapat merinci faktor-faktor kapan ikan menjaga agar populasi ikan tetap besar dan tidak berkurang secara drastis.
Sumber:
0
Kebijakan Pemerintah
Isu jurnal predator (predatory journal), keprihatinan atas fenomena penyalahgunaan inisitatif open access journal (OAJ) telah disuarakan pada awal tahun lalu. Apa itu OAJ ? OAJ pada hakekatnya adalah inisiatif mulia dari komunitas ilmiah global untuk membuka akses informasi ilmiah ke publik secara cuma-cuma. Inisiatif ini tidak lain sebagai konsekuensi teknologi internet di awal tahun 2000-an. Inisiatif ini kemudian diikuti oleh pendirian Directory of Open Access Journal (DOAJ) pada awal 2003. Ide ini didorong oleh keinginan mulia bahwa informasi ilmiah seharusnya menjadi milik publik. Untuk itu biaya penerbitan jurnal seharusnya disokong oleh dana publik, apakah dari organisasi nirlaba maupun institusi riset besar berbasis kolaborasi global. Sejak awal inisiatif ini tidak mudah berjalan karena belum adanya bisnis model yang mapan. Tidak mudah membentuk ekosistem sesuai hukum ekonomi yang realistis. Karena tidak mudah mencari penyokong dana (secara berkesinambungan) untuk penerbitan OAJ dari sebagian pemangku kepentingan di komunitas terkait. Dilain sisi secara historis bisnis penerbitan telah berjalan sejak ratusan tahun lampau dengan model bisnis standar :
1.Pemasok : para peneliti penulis artikel.
2.Penjual : para penerbit jurnal ilmiah yang dikelola oleh komunitas secara sukarela dan nirlaba.
3.Pembeli : pembaca / pelanggan artikel ilmiah yang membayar dengan tarif tertentu.
Setelah memasuki era internet di abad 21, model bisnis ini mengalami koreksi, termasuk dari komunitas peneliti sebagai pemangku kepentingan utama. Sebagian besar beranggapan para penerbit terlalu banyak mengambil margin, terlebih distribusi konten semakin banyak didominasi oleh media internet dengan biaya yang jauh lebih rendah. Selain itu, biaya cetak juga terpangkas signifikan dengan sistem printing on demand sesuai kebutuhan. Bahkan ‘pembelian’ produk didominasi oleh access only purchase dalam bentuk berkas elektronik. Sehingga, di tengah euforia internet secara riil terjadi pergeseran model bisnis dalam ‘dunia penerbitan jurnal ilmiah’. Di satu sisi konsumen menghendaki penurunan biaya akses (berlanggan), karena diyakini teknologi internet telah menurunkan biaya produksi dan distribusi penerbitan. Di lain pihak, penerbit mengalami ‘krisis’ atas peningkatan kompetisi antar penerbit, baik lama maupun baru, mengingat kemudahan akses dan perubahan pola akses konsumen modern yang hanya ditentukan oleh satu ‘klik’.
Aliensi Peneliti Negara Berkembang
Mengapa jurnal predator banyak diminati peneliti negara berkembang? Jika mau jujur jawabnya sangat sederhana: karena mudah! Tentu saja ribuan argumentasi dapat disusun untuk membantah ini, namun menurut saya tidak ada jawaban yang lebih logis jika melihat kondisi penelitian negara berkembang. Sebenarnya, tanpa disadari melalui jurnal predator peneliti negara berkembang mulai mengasingkan diri dari sejawat mereka di negara maju yang relatif lebih unggul. Rendahnya kontribusi makalah dari negara maju dalam hal ini menunjukkan bahwa jurnal-jurnal predator memiliki visibilitas rendah di mata mayoritas pakar. Akibatnya, kontribusi peneliti negara berkembang sulit terdeteksi oleh sejawatnya di negara maju.
Di sinilah letak masalahnya. Kita semua sepakat bahwa penggalian ilmu pengetahuan bersifat universal. Meski efek lokal bisa melekat pada bidang tertentu, hakikat penelitian tetap universal. Apalagi jika kita ingin membangun universitas riset yang unggul dalam bidang-bidang tertentu melalui penelitian. Bagaimana bisa disebut unggul, jika kita tidak diakui secara global. Ada cara lain yang bisa digunakan, yaitu cara scholar yang lebih etis dan elegan, seperti menilai seberkas makalah. Ada empat hal yang harus diperhatikan. Pertama, penilai harus pakar sebidang dengan kapasitas minimal setara. Kedua, penilai harus bebas dari konflik kepentingan. Ketiga, penilai harus fokus pada karya, bukan pembuatnya. Keempat, penilai bersandar pada keyakinan kejujuran ilmiah (scientific trust).
Di sinilah letak masalahnya. Kita semua sepakat bahwa penggalian ilmu pengetahuan bersifat universal. Meski efek lokal bisa melekat pada bidang tertentu, hakikat penelitian tetap universal. Apalagi jika kita ingin membangun universitas riset yang unggul dalam bidang-bidang tertentu melalui penelitian. Bagaimana bisa disebut unggul, jika kita tidak diakui secara global. Ada cara lain yang bisa digunakan, yaitu cara scholar yang lebih etis dan elegan, seperti menilai seberkas makalah. Ada empat hal yang harus diperhatikan. Pertama, penilai harus pakar sebidang dengan kapasitas minimal setara. Kedua, penilai harus bebas dari konflik kepentingan. Ketiga, penilai harus fokus pada karya, bukan pembuatnya. Keempat, penilai bersandar pada keyakinan kejujuran ilmiah (scientific trust).
Kebijakan Pemerintah
Berkembangnya polemik jurnal predator merupakan momen yang tepat bagi pemerintah, dalam hal ini Ditjen Dikti, untuk membenahi masalah penelitian dan publikasi ilmiah kita. Apa yang dibutuhkan sebenarnya adalah definisi jurnal yang baik yang direkomendasikan Dikti sebagai wahana mencapai cita-cita universitas riset. Jurnal komunitas yang dikelola himpunan profesi dan beberapa jurnal lain yang sudah sering digunakan komunitas masuk kategori ini. Pemerintah tinggal membuat basis data jurnal yang dapat direvisi tiap tahun dengan berkonsultasi kepada himpunan profesi dan pakar. Jika hal ini dirasa sulit, ambil saja satu atau dua jurnal utama komunitas penelitian, periksa pada bagian acuan tiap makalah. Jurnal yang paling sering muncul jelas adalah jurnal komunitas juga. Namun, jika hal ini masih dirasa sulit, pilihan terakhir adalah jurnal dengan impact factor.
Referensi:
Jeanne Adiwinata Pawitan, Jurnal Predator Bisa Dinilai Ulang?, Kompas (11 Juni 2013).
Jeffrey Beall, Scholarly Open Access - Critical analysis of scholarly open-access publishing,
Sudarsono Hardjosoekarto, Heboh Jurnal Predator, Kompas (24 April 2013).
Terry Mart, Jurnal Predator!, Kompas (2 April 2013).
